Masakra e Qyshkut ka ndodhur të pemten 14 maj 1999 në fshatin Qyshk (2–3 km afër Pejës, Kosovë). Në këtë masakar u vranë e u masakruan barbarisht 44 meshkuj.

Në fshatin Qyshk është kryer një nga krimet më monstruoze nga shteti i Serbisë: policia dhe bandat qeveritare, pas një sulmi të egër – gjatë të cilit kanë përdhunuar gratë shqiptare dhe kanë plaçkitur gjithçka që kanë mundur të marrin me vete.

Sipas njoftimeve, policia dhe parmilitarët serbë rrethuan fshatarët në tri shtëpi rurale, menjëherë janë ekzekutuar me armë automatike ndërsa shtëpive iu është vu zjarri. Sipas aktakuzës, në këtë sulm të armatosur mbi popullsinë civile të fshatit Qyshk janë vrarë 44 civilë dhe jnaë dëbuar nga fshati më shumë se 400 civilëve.

Herët në mëngjes të datës 14 maj 1999, forcat serbe të sigurisë hynë në Qyshk, disa milje në lindje të Pejës. Të friguar nga hakmarrja, shumë njerëz u larguan në kodrat e afërta, ndërsa pjesa tjetër e popullsisë u mblodhën me forcë në qendër të fshatit. Është vlerësuar se, gjatë ndjekjeve, janë vrarë dymbëdhjetë njerëz në pjesë të ndryshme të fshatit.

Rreth orës 20:30, forcat policore serbe në uniforma të maskuara dhe me maska mbi fytyrat e tyre, i kanë ndarë gratë, fëmijët dhe pleq mbetur të cilët ishin grumbulluar të cilët nuk ishin kanë në gjendje për të shpëtuar. Më tepër se 200 fshatarë u maltrtuan dhe sistematikisht u janë plaqkitur paratë e tyre, bizhuteri dhe gjëra tjera më vlerë. Letërnjoftimet e tyre u shkatërruan.

Tridhjetë e dy burra, të moshës në mes 19 dhe 69 vjeç, u ndanë në tre grupe dhe janë dergu dhe futur në tre shtëpi të ndara, ku ishin të detyruar të rreshtohen. Në të tre shtëpitë burrae kapur u vranë me armë automatike.

Në njërën nga shtëpitë, disa viktima janë ekzekutuar me një armë një nga një me pistoletë. Çdo shtëpie pastaj i ishte vu zjarri dhe ishin lënë për tu djegur. Me emra dhe mbiemra dihen 41 viktimat e masakrës. Masakrës i kan mbijetuar disa njerëz.

Një ndër të vrarët në masakrën e Qyshkut të komunës së Pejës, në vitin 1999, është edhe i ati i ish-kryeministrit Agim Çeku. Ai kujton:
“Në mesin e të masakruarve ka qenë edhe babai im, gjithashtu edhe xhaxhai im, Kadriu.”.

Më 14 maj, në Qyshk janë vrarë e masakruar këta persona (civilë) të paarmatosur:

– Ramë Dervish Gashi (65),

– Xhafer Ramë Gashi (40),

– Rrahim Dervish Gashi (55),

– Rasim Hysen Ramaj (45),

– Metë Shala (55),

– Selim Maxhun Gashi (50),

– Haki N. Gashi (45), Jashar Azem Gashi (58),

– Muharrem Azem Gashi (50),

– Avni Drevish Gashi (50),

– Skënder Dervish Gashi (35),

– Musë Shaban Gashi(63),

– Ibish Kadri Gashi (55),

– Rrahim Shaban Gashi (55),

– Ahmet Rrustem Gashi (35),

– Emin Bekë Gashi (60),

– Emrush Krasniqi, mysafir nga Vranoci,

– Ismet Bajraktari, mysafir nga Raushiçi,

– Hasan Metë Hatamaj – mysafir nga Batusha,

– Gani Avdyl Hasanaj, mysafir nga Batusha,

– Hasan Ahmet Çeku (70),

– Bedri Ahmet Çeku (65),

– Isuf Shala, mysafir nga Grabofci,

– Çaush Rrustem Lushi,

– Ardian Çaushi (30),

– Ardian Çaush Lushi (20),

– Osman Haxhi Lushi (48),

– Sefedin Haxhi Lushi (44),

– Avdullah Lush Lushi (45),

– Ukë Lush Lushi (43),

– Ramiz Lush Lushi (40),

– Xhafer Lush Lushi (35),

– Skënder Lush Lushi (30),

– Nifa Din Kelmendi (55),

– Skënder Din Kelmendi (50),

– Besim Din Kelmendi (38),

– Ardian Skënder Dina (20),

– Rrahim Sylë Kelmendi (40),

– Xhemë Isuf Kelmendi (40),

– Mentor Shaban Kelmendi (22),

– Avdi Shaban Berisha (58) dhe

– Zeçir Aliaj – mysafir nga Zllopeku.