Mbas lëvizjes kryengritëse qi mbaroi me dëbimin e Zogut nga Shqipnija në qershorin e 1924-ës, u kthye në Atdhe. Mbas gjithë këtyne mundimeve desh të pushojë për do kohë në gji të familjes pranë së cilës i kishte tokue gjithmonë me kalue kohë të shkurtna si i huej. Por si qeverija ashtu edhe përfaqësuesit e Shkodrës e sidomos këta, të krishtenë e myslimanë bashkë, i u lutën fort qi të pranonte me qeverisun atë krahinë aq delikatë si prefekt. Dhe Krujës i u desh me i u shtrue vullnetit të Shkodrës ku kishte edhe shumë miq personalë.
Mustafa Kruja e sundoi prefekturën e Shkodrës për gjashtë muej rresht me autoritet e energjí të pashoqe, me të drejtë e me takt tue lânë kujtime të pashlyeshme deri n’ata qi kanë pamë interesa apo mendime të tynetë cënueme prej veprimit të tij.”

Më 17 qershor Mustafai mbajti një fjalim të shkurtër në sallën e Bashkisë së Tiranës. Në të ai shprehu ngazëllimin e tij për fitoren e “revolucionit”, në sajë të “armëve të ushtrisë kombëtare”. Ky fjalim u botua në gazetën “Dajti” e gjëndet në vëllimin “Gjysmë shekulli me pendë në dorë”. Ja disa nga fragmentet e fjalës:
“Zotnij të ndershëm!
Si juve qi ndodheni pranë, ashtu edhe të gjithë atyne qi, prej ngushticës së vêndit, s’munden të marrin pjesë këtu u faleminderës me gjithë zêmër për këtë pritje vllaznore e shumë simpatike qi patët mirësinë të na bâni. Na e dijmë fare mirë se këtë nuk e kemi meritue për kurrgjâ tjetër veç se ndoshta për vuejtjet e shumta e të padame qi na kanë takue si ushtarë e puntorë të vjetër të nji ideali, realizimi i të cilit sod ka fillue me na ndriçue para sŷsh…..
Por a thue se ky ideal i shênjtë, ideali i nji Shqipnie për popullin e jo për pesë a dhjetë zotnij, qi e quejnë veten mbi popullin e zot të tij, a thue se ky ideal âsht i realizueshëm sod plotsisht me armët e ushtrís kombtare. Un kujtoj se jo! Un them se këto armë kreshnike vetëm kanë çelë rrugën e realizimit t’atij ideali qi kemi të tânë në zêmër. Triumfi i armvet nuk lypset të na dehë e të na lânë në gjumë aspak…..
Thashë se nji ndër pengesat mâ të mëdhaja qi s’na kanë lânë deri sod me realizue idealin demokratik ka qênë antagonizma, dasia në mes të demokratvet vetë. E pra sod qi ndalimet e tjera u zhdukën me gjak duhet qi të zhduket me do e mos edhe ky turp i demokracís, duhet bashkim i të tânë atdhetarvet pa ndryshim feje e krahine. Vetëm atëherë mund të besojmë me sigurí se gjaku i Avniut e i dëshmorvet të tjerë të revolucjonit s’kanë shkue kot e se ideali i ynë i përbashkët do të realizohet plotsisht. Por vjen me pyetun se si do t’a bâjmë këtë bashkim. S’ka njeri të thotë se s’e don bashkimin. Në vênd qi në praktikë na ka dalë gjithmonë i vështirë. Shkaku? Egoizmi! Pra për me u bashkue duhet me shkulun egoizmin prej zêmrash….”

Siç shihet, qëndrimi i tij n’atë periudhë ishte ai i një idealisti revolucionar, në pozitat e pjesës më radikale të kombëtarizmit shqiptar. Mbas shumë vitesh, kur shkruan mbi ngjarjet e atyre muajve të vitit 1924, është mjaft kritik. Ai përmënd fjalën “revolucion”, siç u quajt rëndom n’atë kohë e deri sot në historiografinë zyrtare komuniste, grushti i Shtetit i 10 qershorit 1924. Vetë Mustafai, në shpjegimet që i jep prof. Stavro Skëndit mbi ato ngjarje, vë në dukje se kundërshtari më i vendosur i atij “revolucioni” ishte Luigj Gurakuqi, njëri ndër shtetarët më largpamës e atdhetarë të politikës shqiptare. Çdo lloj revolucioni ka në qëndër të tij pështjellimin e masave, ndërsa n’atë qershor populli nuk mori pjesë aspak në ngjarjet politike. Veprimi qe krejtësisht i politikës, që u mbështet në komandantët ushtarakë, pra në thelb qe një “grusht Shteti” i mirëfilltë e, për mendimin tim vetiak, në tërësi shumë i dëmshëm për disa arsye.

Grushti i Shtetit që u krye mbas dorëheqjes së qeverisë Vërlaci, si përfundim i mos zgjidhjes së ngërçit të krijuar nga vrasja e Avni Rustemit dhe nga ngujimi i Opozitës në Vlorë, si pasojë e mosmarrëveshjeve mbi formën e regjimit në Asamblenë Kushtetuese, qe ngjarja që i dha goditjen e fundit metodave demokratike që, mirë a keq kishin filluar të bënin rrugë në ecurinë e Shtetit shqiptar. Ai përcaktoi një çarje të madhe të klasës politike, në dëm të dialektikës që kishte filluar, edhe se me mangësitë e saj, në parlamentin shqiptar. Grushti i Shtetit u bë shkaktari kryesor i prishjes së barazpeshave kushtetuese të dala nga votimet e 27 dhjetorit të vitit 1923 për Asamblenë Kushtetuese, të fituara nga Ahmet Zogu me shumicë absolute prej 44 deputetësh, duke mos respektuar përfundimet e votimeve, pra duke dhënë shëmbullin e daljes nga binarët ligjorë të jetës institucionale n’emër të parimeve të huajtura nga përpjekjet komuniste në mjaft Vënde t’Evropës për të përsëritur përvojën e revolucionit bolshevik. Edhe zija e parlamentit për vdekjen e Leninit ishte një tregues i asaj atmosfere. Mjaft idhtarë të grushtit të Shtetit më vonë krijuan KONARE-n e përfunduan në Bashkimin Sovjetik, për të përgatitur në vite përhapjen e ideve komuniste në Shqipëri, të cilat më vonë, me ndërlikimet e pushtimeve dhe luftës së Dytë botërore, përcaktuan vendosjen e diktaturës së kuqe për gati gjysëm shekulli. Madje duhet vënë në dukje se Ahmet Zogu, megjithëse fitimtar në zgjedhjet e 27 dhjetorit, e megjithëse viktimë e një atentati të një bashkëkrahinari të tij, Beqir Valterit, në sallën e parlamentit, u përpoq deri në fund, edhe me dorëheqjen e tij e krijimin e një qeverije që kishte edhe përfaqësues të Opozitës, të qetësonte gjëndjen e të vazhdonte metodat demokratike në praktikat politike e institucionale. Po të kishin ndjekur edhe përfaqësuesit e Opozitës të njëjtën rrugë, ndoshta Shqipërisë do t’i ishin kursyer shumë dukuri johenike n’atë periudhë e më vonë.

Edhe Mustafa Kruja, megjithëse nuk pati asnjë lloj pjesëmarrjeje në veprimet e mësipërme ishte në një gjatësi vale me Opozitën demokratike, sikurse shihet edhe në fjalën e mbajtur në Bashkinë e Tiranës. Por megjithë ngazëllimin për revolucionin, mëndjes së tij të mprehtë nuk i shpëtonin problemet e vërtetë të Shqipërisë e demokracisë së saj, që dalin në pah, sikur në shumë raste të jetës së tij politike, të përqëndruara në dasitë e ndryshme të shqiptarëve, në nevojën urdhëruese për t’i shmangur ato, për të sendërtuar bashkimin në synimet, në dëshirat, në idealet më thelbësore të interesave të atdheut. Në këtë domosdoshmëri pengesa vjen nga “egoizmi”, nga diçka e lindur në natyrën njerëzore e, prandaj, aq e vështirë për t’u luftuar….

N’administratën e qershorit 1924 ai nuk pati detyra e poste në qeverinë qëndrore. U emërua prefekt, me fuqi të plota në Shkodër. Ishte një qytet që kishte joshjen e tij të posaçme në zemrën e tij. Në parlament ishte bashkuar me grupin e atij qyteti, sepse kishte gjetur në të më shumë afërsi mendimesh e shllimesh. Miqtë e tij më të mirë ishin nga ai qytet. Shkodra ishtë më perëndimori i qyteteve shqiptare, ku tregëtia me Italinë e bregdetin dalmat linte gjurmët e saj. Ishte qyteti me më shumë histori në trevat shqiptare, madje simbas projektit të tij duhej t’ishte kryeqyteti i Vëndit. E bëri këtë propozim në vitin 1921 në parlament por mbeti pa vazhdim. Në Shkodër ai solli edhe bibliotekën e tij të pasur, për të cilën flet me shumë dashamirësi edhe prof. Ernest Koliqi. Në përvjetorin e dymbëdhjetë të festës së Pavarësisë prefekti e përfundoi fjalën e tij, drejtuar popullit të Shkodrës nga ballkoni i Bashkisë me këto fjalë:
“Të jemi pra të lidhun e të bashkuem me besën qi na kanë lânë babat e gjyshat t’onë, për lirín e lulzimin e Atdheut; t’i napim dorën shoqi shoqit burrnisht e vëllaznisht, tue i mbajtun në cakun e vet ndryshimet e fevet e t’idevet e të betohemi mbi flamurin e shênjtë se kurrë i hueji e tradhtori s’ka me na sundue për së gjalli!
Popull i Shkodrës! Ti, sidomos, me malet e tueja nuk do t’i harrojsh traditat e lavdishme qi trashigon prej të parvet të tuej, qyshë prej Kara-Mahmudit e te Oso Kuka, nj’ashtu si t’i kanë përshkrue Vaso Pasha i yt e auktori i pavdekshëm i Lahutës së Malsís! Meritoje pra edhe me veprat e mbaskëndejme vêndin e naltë qi të ka caktue historia në gjî të Kombit shqiptar! Vetëm bashkimi, or vëllazën, bashkimi i të gjithë Shqiptarvet të ndershëm, na bân me qênë të drashun prej tradhtorvet e të nderuem prej të huejvet. Me bashkim e vëllazní të pa hile e të pa sherr kjo ditë e lumnueshme do të na gjêjë për gjithë vjetë mâ mirë.
Rrnoftë Shqipnía e lirë! “