Duke u parë si një kërcënim për regjimin totalitar, Musine Kokalari u dënua me 25 vjet burgim (nga të cilat 16 vite i kaloi në burg) si dhe me persekutim të përjetshëm. Gjatë kohës së burgut, iu nënshtrua torturave të tmerrshme e nga më të ndryshme të regjimit. Sidoqoftë, edhe torturat e vazhdueshme nuk ia ndryshuan pikëpamjet, idetë progresiste dhe qëndrimin e lartë moral. Më 1962, Musineja u transferua nga ambientet e burgut në internim në Rrëshen. Këtu u detyrua të punojë në punë të rënda ndërtimi, në kushte shumë të vështira e nën vëzhgimin e rreptë të agjentëve të sigurimit. Përndjekja e vazhdueshme dhe mungesa e kushteve më minimale ndikoi drejtpërdrejtë në aktivitetin letrar të Musinesë që u ndërpre në mënyrë brutale. Vetëm në vitin 1972, Musine Kokalari arriti të përfundonte në fshehtësi një libër të saj të titulluar “Si lindi Partia Social Demokrate” ku ajo shpjegon pikëpamjet e saj anti-komuniste dhe shpjegon alternativën e saj progresiste e demokratike. Arriti t’a ruante këtë vepër përmes një serie shkrimesh që ia dërgoi nipit të saj, Platon Kokalari nën tematikën “Të shpëtojmë sa të mundim nga vlerat morale”. Më 1980, Musine Kokalari u diagnostikua me kancer të gjirit dhe ashtu e sëmurë u refuzua e u la pa u kuruar nga trupat spitalore. Moskurimi i sëmundjes, dhimbjet dhe vuajtjet e shumta të kaluara nën përndjekjen komuniste i shkaktuan vdekjen në Gusht të vitit 1983. Izolimi i plotë gjatë përndjekjes i mohoi Shqiptarëve një sërë veprash që do të mund të ishin krijuar dhe publikuar nga vetë Musine Kokalari në kushte të tjera më të favorshme. Musine Kokalari përfaqëson disidenten e parë Shqiptare.