Rexhep Qosja ka botuar disa romane: “Vdekja më vjen prej syve të tillë” (1974), “Një dashuri dhe shtatë faje” (2003), “Nata është dita jonë” (2007), “Bijtë e askujt” (2010) dhe Të fshehtat e treguara (2020).

Përveç në Prishtinë romani “Vdekja më vjen prej syve të tillë” është botuar në vitin 1987 edhe në Tiranë, me inisiativë të shkrimtarit Ismail Kadare, i cili kishte lexuar botimin e Shtëpisë Botuese “Rilindja” të Prishtinës dhe e kishte pëlqyer. Më vonë Kadare e rekomandoi romanin e Qosjes edhe në Francë dhe ai u botua atje,në vitin 1994 me parathënie të Kadaresë.

Qosja ashtu si shkrimtarët tjerë shqiptarë është ndikuar nga Ismail Kadare. Një rast i tillë është romani i Qosjes Një dashuri dhe shtatë faje i botuar më 2001, që është i ngjashëm me romanin e Kadaresë Krushqit janë të ngrirë botuar më 1986. Ngjashmëritë janë protagonisti i cili është mjek në të dy rastet, antagonisti që është UDB, vendi është Spitali i Prishtinës, viti është 1981, faji i protagonistit është mjekimi ose nderimi i viktimave të demonstratës. Studiuesi Ag Apolloni pohon se ngjashmëri të tilla ka edhe te shkrimtarët e mëdhenj botërorë dhe ato nuk ua ulin vlerën veprave.

Nga proza Qosja ka botuar edhe tregimin “I ringjalluri i penduar” i cili mund të quhet edhe novelë ose roman. Ky tregim është satirë që fshikullon politikanët kosovarë të pasluftës. Të fshehtat e treguara është romani i parë omnibus në letërsinë shqipe.

Eseja “Çështja Shqiptare” e Qosjes në vitin 1995 u përkthye dhe u botua në Francë nga shtëpia botuese Fayard.

Në këtë vepër të përkthyer në frëngjisht Qosja do të deklaronte:

«Perandoria Osmane ka ngritur mur mes shqiptarëve dhe Evropës, në radhë të parë me ideologjinë fetare islame»

Me botimin e vëllimit Identiteti evropian i shqiptarëve nga Ismail Kadare më 2006 si replikë ndaj vëllimit të Qosjes Ideologjia e shpërbërjesu bë shkas për rrahjen e kësaj teme, Qosja iu përgjigj brenda vitit me esetë Idetë raciste të Kadaresë dhe Realiteti i shpërfillur.Kundëpërgjigjja e Qosjes çoi Kadarenë drejt reagimit dhe kështu u zhvillua një debat mbi identitetin kombëtar. Qendra e mendimit të Qosjes është se identiteti mbarëshqiptar në gjerësinë e tij ngërthen elemente të të dy qytetërimeve, si atij perëndimor, si atij lindor. Në veprën Identiteti Evropian i Shqiptarëve, Kadare i ka kritikuar ashpër qëndrimet e Qosjes:

«Askush nuk mund të jetë aq naiv sa të mos e kuptojë se një identitet i ndarë është një komb i ndarë. Askush s’mund të jetë aq i ngathët nga mendja që të mos e kuptojë se përjashtimi i gjysmës ose shumicës së kombit shqiptar nga identiteti evropian, do të thotë përjashtim nga Evropa. Dhe përjashtimi nga Evropa nuk është larg dëbimit nga Evropa. Ky nuk është as përfundim teorik e as filozofik. Kombi shqiptar, përpara se ta lexojë në libra e ka ndier në mishin e tij këtë lemeri. Shpërnguljet me dhunë kanë hyrë në vetëdijen e traumatizuar të disa brezave shqiptarë. Këto shpërngulje nuk ranë si rrufe në qiell të pastër. Ato ishin përgatitur për një kohë të gjatë nga zyra kriminelësh, nga ushtarakë sadistë, nga akademikë të zinj si Vasa Çubrulloviçi, nga mendësia e një popullsie të tërë të dehur prej etheve shoviniste.»

Rexhep Qosja është një ndër autorët që kanë patur një ndikim të madh në modernitetin letrar të dramës shqipe, në dimensionin e saj filozofik dhe thellësinë psikologjike në vitet 70, bashkë me Teki Dervishin dhe Beqir Musliun.Qosja ka shkruar dramat Beselam pse po më flijojnë, Sfinga e gjallë dhe Vdekja e një mbretëreshe, botuar në vitin 1978 nën titullin e përbashkët “Mite të zhveshura”. Dramën e parë, Sfinga e gjallë, e nisi po atë vit që përfundoi romanin e parë, Vdekja më vjen prej syve të tillë (1974), dhe e inskenoi në vitin 1976.

Në një intervistë dhënë gazetares Rudina Xhunga me rastin e 100 vjetorit të pavarësisë së Shqipërisë, Qosja e cilësoi jonormale injorimin që i bëhej Enver Hoxhës. Sipas tij, Hoxha:

«[…] e shkëputi Shqipërinë prej një varfërie të madhe që sundonte përpara…i siguroi atij populli bukën,[…] ndërtoi një shtet bashkëkohor me të gjitha institucionet politike, shoqërore, kulturore, arsimore, shkencore. Nuk mund t’i harrojmë këto. Shqipëria sot ndriçohet edhe me hidrocentrale që ka ndërtuar ai regjim, apo në radhë të parë me ato termocentrale. Ai regjim e mbrojti Shqipërinë prej përmbytjeve, e shpëtoi Shqipërinë prej kënetave. U rritën tani kënetat, u rritën aq shumë sa po bëhen vërshime ashtu si Shkodra sepse regjimi i sotëm nuk po i kushton rëndësi ose i la të shkatërrohen ato që i kishte ndërtuar ai regjim me Enver Hoxhën në krye për mbrojtjen e qyteteve, fshatrave, fushave prej vërshimeve dhe brakave. Nuk mund dhe nuk duhet t’i harrojmë këto. E thashë më parë e dua ta përsëris se ai regjim i dha popullit shqiptar një dinjitet ndërkombëtarisht të njohur dhe kjo nuk është diçka e parëndësishme.[…]»

Sipas Qosjes Shqipëria nuk ishte vendi i vetëm ku u pushkatuan njerëzit pas luftës, duke e krahasuar me terrorin ne vendet tjera komuniste në Shqipëri dhuna qe në përpjestime më të vogla.Madje në ditarin e tij të botuar në vitin 2016, Qosja do të shkruante:

«”Enver Hoxha ishte atdhetar i madh, atdhetari më i madh shqiptar, që ia kishte kushtuar jetën Shqipërisë shtet dhe popullit shqiptar komb. Këta të sotmit, të gjithë së bashku s’i vijnë atij as deri te nyja e poshtme e këmbës”.[…]»

Kryeministri i Shqipërisë Sali Berisha kritikoi Qosjen për “lartësimin e figurës së Enver Hoxhës”, dhe për injorimin e faktit që shqiptarët ia kishin zvarritur bustet që kishte pasur në çdo qytet të Shqipërisë.Pas ankesës së demokratëve lidhur me shfaqjen e fotografive të liderit shqiptar Enver Hoxha në festimet e çlirimit të Shqipërisë, Rexhep Qosja mbrojti shfaqjen e tyre duke argumentuar se në vendet demokratike nuk dënohej nxjerrja publike e fotografive të figurave të mëhershme politike, madje as nxjerrja publike e fotografive të Leninit dhe Stalinit; përjashtim bënte nxjerrja e fotove të Adolf Hitlerit. Qosja e kritikoi ashpër edhe krahasimin e Enver Hoxhës me Hitlerin, duke e quajtur marrëzi, shpifje dhe akuzë poshtëruese kundër popullit shqiptar, i cili Enver Hoxhën e kishte kënduar, duartrokitur, madhëruar në vepra arti dhe e kishte quajtur figurë e madhe kombëtare. Kjo nxiti replikë nga deputetja demokrate Mesila Doda e cila e quajti Qosjen «marksist-leninist i degraduar».

Qosja sulmoi mentalitetin komunist:

«[…] ish-sekretari i organizatës themelore të Partisë së Punës së Shqipërisë në Universitetin e Tiranës, Sali Berisha, i cili kishte bërë shumë përpjekje, qoftë edhe përmes djemve të Enver Hoxhës, për të hyrë në shtëpinë dhe në ekipin e mjekëve të tij! Dhe, ky trabant i komunizmit, që aq egër do të çohet kundër idhullit të vet vetëm pas vdekjes së tij, do ta quajë sot Enver Hoxhën Hitleri shqiptar![…]»

Epokën e Mbretit Zog I Qosja e ka quajtur “rend feudal” dhe kjo solli një valë reagimesh në Shqipëri që e cilësuan Qosen si “despot dhe enverist”, dhe qëndrimet e tij si “shpalosja e radhës e enverizmit dhe përçarja e kombit shqiptar”.

Në debatin që u zhvillua në vitin 2018, Qose është deklaruar pro idesë së korrigjimit të kufinjve mes Kosovës dhe Serbisë. Qosja e ka goditur Sali Berishën për deklaratën e tij se çështja e kufinjve të Kosovës ishte shndërruar në lajm kryesor rajonal dhe botëror nga serbomëdhenjtë e Beogradit dhe argatët e tyre në Prishtinë. Sipas Qosjes, Berisha nuk kishte të drejtë morale të fliste kur ai “duke e thyer embargon e vendosur prej faktorëve ndërkombëtar ndaj Serbisë,me naftën e Shqipërisë e ka furnizuar ushtrinë serbe që masakronte shqiptarë në Kosovë.”